黄岩岛不再进行填海造岛，而是改建为自然保护区。2025年9月，中国国务院批复同意在黄岩岛成立国家级自然保护区，旨在保护该海域独特的海洋生态环境，特别是珊瑚礁生态系统。国家林业和草原局随后公布了详细的规划，保护区总面积超过3500公顷，并划分为核心区和实验区。这一决定并非临时起意，而是经过长期规划的。消息传到菲律宾后，菲方反应迅速且激烈。菲律宾外交部公开表示，中方的做法不合理也不合法，并准备提出正式抗议。菲律宾认为设立保护区应由他们自己来做。
中国外交部则坚定回应，强调黄岩岛自古以来就是中国的固有领土，在自己的地盘上建立自然保护区是天经地义的事情。中方还指出，国际条约从未将黄岩岛纳入菲律宾领土范围，因此菲方的主张缺乏历史和法理依据。
双方立场明确，黄岩岛局势的发展基调已定。与此同时，仁爱礁的局势也日益紧张。一艘在仁爱礁滞留多年的菲律宾旧军舰处境艰难，中国海警严密监控周围水域，阻止任何维修材料的运送。甚至有消息称，中国的一艘拖船已部署到附近，可能意味着这艘破船的闹剧即将结束。
在中国与菲律宾关系紧张、美国与菲律宾军事合作加强的背景下，中国选择在黄岩岛设立自然保护区，开辟了一个新的应对方向。此举巧妙地将可能引发军事对峙的问题转化为环境保护议题，牢牢掌握主动权。