9月6日上午，中国共产党优秀党员、我国防空导弹专家、中国工程院院士于本水同志的遗体告别仪式在八宝山殡仪馆东礼堂举行。清晨，送别的人群早早来到现场，怀着哀痛的心情依依不舍地送别于本水同志。八宝山殡仪馆东礼堂庄严肃穆，哀乐低回，正厅上方悬挂着“沉痛悼念于本水同志”的横幅，下方挂着他的遗像。于本水同志身盖中国共产党党旗，安卧于鲜花与翠柏丛中。
中央有关领导同志对他的逝世表示悼念，并向家属表示慰问，敬献花圈。中共中央组织部、国务院国资委、国防科工局、中国工程院等机构也敬献花圈或发来唁电，以不同方式表达哀悼之情。
上午9时，来自各相关单位的700余人胸戴白花，在哀乐声中缓步来到于本水同志的遗体前肃立默哀、鞠躬致敬，洒泪做最后的告别，并向其家属表示深切慰问。
于本水是我国具有重大影响力的空天防御技术专家，长期从事防空导弹研制工作，曾主持多项重要导弹系统的研制和先进防御武器系统发展战略研究，为航天事业发展做出卓越贡献。他荣获国家科技进步奖特等奖和一等奖等多项荣誉。