量化机构在A股市场的角色引发了广泛争议，尤其是在市场大幅调整时。有人认为量化机构通过T+0策略高频交易获利，这对只能进行T+1交易的散户不公平。此外，量化机构拥有毫秒级的速度优势，进一步加剧了这种不对等。
2026年以来，尽管市场分化明显，量化私募却蓬勃发展。截至6月底，百亿元级私募数量增至142家，其中百亿量化私募超过70家，占比接近50%。量化股票多头策略规模攀升至1.83万亿元，幻方量化、九坤投资等知名量化机构迎来了丰收年。
随着大量资金涌入量化领域，以及交易算法愈加复杂，关于量化交易“收割散户、助涨杀跌”的质疑声逐渐增多。南京大学商学院安同良教授团队的研究发现，一家好公司的股价可能因散户持仓多、流动性好而成为量化机构的目标，导致股价持续下跌；相反，业绩不佳的公司可能因热点效应被推高。
无序的高频量化交易给市场带来三大危害：股价与企业基本面脱钩，市场价值发现功能失效，长期资金流出。这些因素共同作用，形成了恶性循环，影响了市场的稳定性。
上市公司也对量化投资表达了担忧。鹏辉能源投关总监方李一凡在社交媒体上表示，单纯依靠情绪、动量等因素进行交易毫无合理性，这不符合中国特色现代资本市场的高质量发展方向。此番言论引起了广泛关注，鹏辉能源因此被称为“怒怼量化第一股”。截至7月17日收盘，沪指失守3800点，深证成指、创业板指和科创50指数均出现大幅下跌，但鹏辉能源逆势微涨0.11%。
监管层近年来逐步加强对量化投资的监管。证监会主席吴清在今年6月的讲话中强调，将出台一系列程序化交易监管规则制度，强化监测监控，从严监管异常交易行为，并引导降频降速，加强交易业务单元管理。未来还将继续完善相关机制，确保市场的公平和规范，防范滥用技术优势，打击操纵市场和扰乱市场秩序的行为。
量化交易本身具有提供市场流动性和辅助价格发现的积极作用，但在技术、速度、资金等方面占据绝对优势的情况下，容易导致市场不平衡。为了维护资本市场的公开、公正、公平秩序，多方应共同努力，完善制度，约束量化机构与散户之间的不对等，引导市场从“存量博弈”转向“价值共创”。