9月26日晚，韩国国会审议通过了《政府组织法》修正案。尽管最大在野党国民力量党启动了“冗长辩论”程序进行干扰，但共同民主党联合其他进步政党利用多数席位优势通过了法案。法案最引人注目的内容是撤销检察厅，在行政安全部设立“重大犯罪调查厅”，在法务部设立“起诉厅”，分别担负原检察厅的“侦查”和“起诉”职能。法案设定了为期一年的过渡期，明年9月，拥有78年历史的韩国检察厅将正式落幕，这标志着韩国刑事司法制度发生重大改变，也将对今后政权运作产生影响。
多年来，韩国检察制度受到诟病主要集中在两个方面。一是权力过于集中，检察厅拥有重大案件的侦查权，可以指挥警方办案，申请逮捕令；独占起诉权，有权决定是否起诉，并提出量刑意见；拥有抗诉权，可以监督审判的进行。虽然检察厅隶属法务部，但检察官办案完全独立，总统、法务部长官也不能干涉。这些权力集于一身，使检察厅对犯罪行为的侦查、起诉、量刑具有决定性影响。同时，检察厅自我封闭、缺乏监督的机制也往往使执法公正性受到质疑。
二是卷入政治斗争，检察厅被法律赋予的特殊地位和权力使之成为双刃剑。一方面被视为打击犯罪、维护正义的铁拳，另一方面也屡屡被指责是政治势力清算对手的工具。韩国的“青瓦台魔咒”和重大政治案件背后，无一没有检察厅的身影，检察厅常常遭到“政治报复”、“滥用职权”、“违反中立”的指责。司法日益政治化严重损害了检察厅的公正执法形象，对检察制度进行改革的呼声多年来未曾中断。
李在明政府上台后，大力推动旨在分散权力的政府组织机构改革。撤销检察厅，实现“侦诉分离”，意在打破检察厅对关键司法权力的垄断，从制度层面降低司法政治化的风险。但这些举措遭到在野党的强烈抵制，法律界也存在担忧声音，检察改革要达到目标还有漫长的路要走。