始祖鸟因在西藏喜马拉雅山脉举办的一场名为《升龙》的烟花表演引发争议。大量网友质疑这场活动对当地脆弱生态屏障的影响，认为会造成环境污染。随后，始祖鸟官方删除了活动宣传帖，艺术家蔡国强的相关视频也被设为不可见。9月21日，始祖鸟就此事致歉，并表示将依据评估结果采取补救措施。然而，许多网友并不接受这种道歉，认为道歉无济于事。
近年来，始祖鸟在网络上被称为“中产三件套”之一，但其产品质量问题频出，导致口碑下滑。不少消费者反映购买的始祖鸟产品存在质量问题，如鞋子边缘开胶、外套鼓包起球、衣服LOGO脱落等。有消费者戏谑地称，“高端始祖鸟，质量却‘鸟’样”。
李戈在日本购买了一双始祖鸟的鞋子，不到一个月鞋弯折处已经破损。他表示这双鞋平时穿得并不频繁，只是休闲时穿着。类似经历的消费者不在少数，在社交平台上，许多人晒出鞋子开胶和破损的照片，有的仅穿了一两个月。黑猫投诉平台上有3000多条关于始祖鸟的投诉，其中质量问题占多数，包括鞋子网面破损、鼓包等问题。
始祖鸟官方旗舰店的鞋子价格集中在一两千元之间，采用GORE-TEX薄膜面料，适用于远足和野外徒步。客服表示，这款鞋确实耐磨，但未接到关于折痕处容易开胶的反馈。时尚产业独立分析师程伟雄解释说，压胶工艺是目前运动鞋制造的一个主流趋势，但随着时间老化和环境温度变化，开胶风险依然存在。北京某修鞋店工作人员也表示，这种鞋子弯折处容易开胶和破损是正常现象。