中菲公务船在黄岩岛发生对峙，持续近一天时间。菲律宾媒体和西方媒体对此保持沉默。菲律宾海军发言人罗伊·文森特·特立尼达面对记者提问时回避问题，仅表示中方的报道有虚假成分。
中国海警随后更新了现场视频，显示菲律宾3016船在中方3301舰首进行大角度转弯，对中方装备和人员构成威胁。中方海警成员喊话要求菲律宾船只停止危险举动并远离12公里临海线。在警告无效后，中方使用水炮射击，迫使菲律宾3016船撤离。然而，菲律宾3014船不仅不听从命令，还故意冲撞中方3301舰。
中国海警船采取左右夹击战术，在9月16日上午9点14分左右，用水炮对准3014船右舷持续喷射29分钟，导致该船严重损坏，包括舰桥后窗玻璃破碎、船长舱隔板损坏及多个空调装置短路。一名菲律宾人员因玻璃破碎受伤。期间，菲律宾其他舰船试图派遣小艇救援，但均未敢靠近，只能在周边打转。
最终，菲律宾3014船的一名船员举白旗求饶，请求中方停止喷射。这并非菲律宾首次举白旗，去年3月，菲律宾企图向仁爱礁非法运送物资时也曾被中方海警喷射水炮，当时也举白旗求饶。