伊朗司法机构下令在全国范围内设立特别法庭，以起诉在搜捕以色列间谍行动中被拘留的相关人员。随着伊朗和以色列停火后，伊朗情报部门持续打击渗透分子、间谍及特工网络，特别是美国中央情报局和以色列摩萨德的人员与代理人。
摩萨德局长达维德·巴尔内亚透露，在冲突高峰期有数百名摩萨德特工活跃于伊朗境内。以色列方面声称，此次冲突中多名遇袭的伊朗高级将领和核科学家的位置由其情报网络确定。以色列利用人工智能筛选数据，以确定潜在目标。摩萨德还通过走私无人机零部件并袭击伊朗防空系统，展示了其对伊朗的渗透程度。此外，摩萨德还对伊朗发动了心理战，直接致电威胁伊朗高级将领及其家人。
摩萨德对伊朗权力体系的渗透早已有之。华盛顿近东政策研究所专家霍莉·达格雷斯指出，多年来摩萨德将伊朗视为游乐场，从暗杀高级核科学家到破坏伊朗核设施，以色列一再证明自己在这场“影子战争”中占据上风。例如，2020年伊朗核物理学家穆赫辛·法赫里扎德遭暗杀，所用武器印有以色列军工产业标识。另据报道，2024年摩萨德策划实施了在德黑兰暗杀哈马斯领导人伊斯梅尔·哈尼亚的行动。此外，伊朗指责以色列多次发动网络破坏行动，如2023年全国范围内的加油站系统遭到黑客攻击。
以伊停火后，摩萨德公开表示将继续密切关注所有已知的伊朗项目。为应对以色列渗透，伊朗持续搜捕以色列间谍，已有700多人因涉嫌从事间谍活动被捕，部分人经过司法程序后遭处决。伊朗要求民众警惕戴墨镜或帽子的人、带篷卡车以及深夜行驶的货车，并报告房屋内传出的异常声音等情况。摩萨德继续对伊朗进行心理战，发布帖文称伊朗高官在关注其波斯语社交媒体账号。