丰巢快递柜启动超时收费，这一做法备受争议。
其中一个争议点在于，许多快递员不经用户同意就将快递投入丰巢，收费的同时还压缩了本该提供的上门服务；有市民认为这是快递公司在变相进行二次收费；也有市民表示能理解丰巢收费，但12小时太短，一到两天比较合理。
5月8日，丰巢上海运营经理李文飞表示，快递公司的派费是在邮管局规定的范围内设定的标准。丰巢投资方顺丰快递表示，如果快递员不经过用户允许，擅自将快递放在快递柜，客户可以进行投诉。丰巢和顺丰两家公司是独立运营的，理论上不涉及二次收费。
妈妈驿站和菜鸟驿站均表示，目前没有向用户收费。
市民：压缩了本该提供的上门服务
4月30日起，丰巢快递柜推出会员制，对非会员客户存放超12小时包裹开始收费。非会员客户有两次免费超时取出机会，两次免费保管12小时后，没有成为丰巢会员的，第三次快件无法投入快递柜。
对于新推出的收费方式，网友观点不一。
“不送上门还想收钱？”家在上海闵行的罗女士所居住的小区很大，而快递柜就设在门卫旁，“直接放丰巢，确实省事。”罗女士称，她碰到的很多快递员根本不打招呼就把物件放快递柜，“其实就是懒，懒得多走路。”
罗女士认为丰巢收费并不合理，是助长快递员偷懒，压缩了本该提供的上门服务。
5月7日，上海市民陈先生已经用完了两次免费超时使用丰巢的机会。此后，他手机号所关联的快件将无法再投入丰巢柜。
陈先生称，据他所知，丰巢并没有垄断地位，他的小区还有菜鸟驿站、妈妈驿站和中邮智，“我的选择很多。”