新皇岗口岸作为国家一级口岸，于10月12日早上6时30分正式开通运行。这个集出入境口岸、立体综合交通枢纽、城市活力公共空间于一体的超级口岸，总建筑面积约68.97万平方米，设有134条合作查验快捷通道和68条人工通道，设计日通关流量达20万人次。
新皇岗口岸的通关模式由原来的“两地两检”调整为“一地两检”，深港两地的查验集中在同一栋联检大楼内。新模式下，旅客通关时间从原来的30分钟缩短至最少5分钟。记者实地体验发现，即使在工作日且有各类分流及引导措施的情况下，整个通关流程仅耗时10分钟左右，现场秩序井然。
这一变化标志着深港两地将进一步加强融合。为了便利两地人员往来和经贸活动，推进粤港澳大湾区建设，深圳市皇岗口岸内设立了港方口岸区。此前，全国人大常委会已授权香港对皇岗口岸相关区域实施管辖，并明确了“合作查验、一次放行”的查验监管模式。
新皇岗口岸不仅是一个单一的人员过境设施，还将成为串联深港科创资源、产业平台与人才网络的综合枢纽。口岸位于深圳市福田区南端，与香港新界落马洲隔河相望。自1994年实行货检24小时通关以来，一直是深港间唯一的24小时通关口岸。2018年启动重建规划后，新大楼预计初期每日可处理约20万人次旅客，通关能力提高约4倍。
在新的查验模式下，旅客只需“排一次队、检查一次证件、核实一次身份”，即可完成两地出入境手续。自助通道通过三道门完成信息读取、指纹采集和身份核验，大大提高了通关效率。此外，人工柜台采用“肩并肩”设计，深港两地查验人员并排而坐，同样实现了一次排队完成两地手续。
车辆通关方面，深港首次采用“五合一”车辆合作查验通道，一次性完成深港五家查验单位的信息采集与系统验核，大幅压缩了通关时间。据统计，新口岸启用首日早高峰期间，旅客和车流量均有显著增长，但系统表现稳定，未出现异常情况。