目前全国有数十家机构具备尼帕病毒检测能力，这些机构主要集中在省级疾控中心和少数大型医院，而基层医疗机构的识别能力有限。由于国内尚未出现尼帕病毒的确诊病例，因此在临床救治方面经验不足，尤其是在重症患者的呼吸支持和神经系统并发症处理等方面缺乏实战经验。
国家传染病医学中心、复旦大学附属华山医院感染科主任张文宏教授表示，我国在二代测序检测能力上没有问题。二代测序技术已成为应对尼帕病毒等高风险病原体的重要工具，不仅能在疫情暴发时快速诊断和溯源，还能对病毒进化进行长期监测，评估公共卫生风险，并指导医疗对策。