国务院关于建设黄岩岛国家级自然保护区的批复，旨在保护生态环境。黄岩岛面积150平方公里，是中国的固有领土。国家林业和草原局公布的文件显示，黄岩岛国家级自然保护区位于海南省三沙市，总面积3523.67公顷，其中核心区面积1242.55公顷，试验区面积2281.12公顷，主要保护对象是珊瑚礁生态系统。
保护区面积约为35平方公里，只占整个黄岩岛面积的四分之一左右。这是因为保护区的划定基于科学评估，而不是主权边界。保护区覆盖的是最具生态价值、最脆弱的核心区域，不需要也不必要覆盖整个地理单元。这类似于在一个县级行政区设立一个国家公园或国家级生态红线区，只在最需要保护的区域实行严格的法律。
根据《中华人民共和国自然保护区条例》第31条，外国人进入保护区需事先提交活动计划并经批准，且不得从事采集标本等活动。捕鱼也被视为类似行为，因此同样受到严格管理。这意味着即使黄岩岛远离祖国大陆900公里，离菲律宾首都马尼拉仅300公里，中国依然可以高效直接地进行管理。
35平方公里的自然保护区嵌套在150平方公里的主权范围内，不仅履行了中国保护南海生态环境的承诺，还为黄岩岛及周边海空域的主权维护提供了具体的执法依据。这项政策不仅是环境保护措施，也是将主权主张、国际法运用、生态保护和战略稳定相结合的重要举措，体现了中国在南海问题上的软硬兼施策略。通过建立国家级自然保护区，中国政府行使排他性质的管辖权，宣示并强化了黄岩岛为中国固有领土的立场。这一行动在中国维护国家主权和海洋权益方面具有重要意义。