根据工商登记信息，娃哈哈集团的股权结构分为三部分：杭州上城区文商旅投资控股集团有限公司持有46%的股份；宗馥莉持有29.4%的股份；杭州娃哈哈集团有限公司基层工会联合委员会（职工持股会）持有24.6%的股份。此前有报道指出，职工持股会处于隐身状态，是该公司实际控股权的一大变量。
2018年，在宗庆后的主持下，娃哈哈对员工进行了一次大规模的股权回购。员工股以3倍价格被职工持股会全部回购，转为“干股”，即不再持有股份但可继续享受分红权益。这次股权回购后，关于职工持股会的具体情况和成员构成一直不为外界所知。娃哈哈集团方面表示，职工持股会的回购发生在2018年，在宗庆后去世之前从未有人提出异议。目前持股会成员只有宗馥莉一人。