6月13日，一名以色列安全官员透露，以色列为此次对伊朗的袭击筹备了数年时间，摩萨德在其中发挥了重要作用。摩萨德特工在德黑兰附近建立了自杀式无人机基地，并在凌晨启动这些无人机，打击了伊朗的地对地导弹发射器。此外，摩萨德还通过车辆将精确制导武器偷运到伊朗中部，并在防空基地附近部署了精确制导导弹，摧毁了伊朗的防空系统，使以色列获得了制空权。
该官员表示，这些行动依靠突破性的思维、大胆的计划和先进技术，特种部队和特工在伊朗心脏地带行动时完全避开了当地情报机构的监视。以色列国防部长卡茨的办公室发布声明称，伊朗伊斯兰革命卫队空军的大部分领导层在以色列空袭中被打死。袭击发生时，这些高层官员正在一个地下指挥中心开会。以色列高级安全官员向福克斯新闻网表示，以色列成功欺骗了伊朗空军的高级指挥官，使其聚集在一起以便进行定点打击。
路透社援引消息人士称，至少有20名伊朗高级指挥官在以军空袭中丧生。当地时间6月13日凌晨，以军发动空袭，打击伊朗境内数十个与核计划和其他军事设施相关的设施目标。以军称，伊朗拥有足够的浓缩铀，可在数日内制造出数枚炸弹，因此需要采取“先发制人”的行动。伊朗媒体确认，伊朗伊斯兰革命卫队总司令萨拉米、武装部队总参谋长巴盖里、伊斯兰革命卫队航空航天部队司令阿米尔-阿里·哈吉扎德都在此次袭击中丧生。伊朗最高领袖哈梅内伊的政治顾问、伊朗国家最高安全委员会前秘书阿里·沙姆哈尼也遇袭，但其生死情况尚不确定。另有6名伊朗核科学家也在空袭中身亡。