上海市气象局于9月15日14时宣布，鉴于第13号台风“贝碧嘉”即将来袭，他们已将台风应急响应提升至Ⅰ级。据预测，“贝碧嘉”将于16日凌晨至上午在浦东至舟山地区登陆，风力可达台风或强台风级别（12～14级），对上海带来显著风雨影响。为此，上海中心气象台于当日8时更新台风蓝色预警为黄色，上海市防汛指挥部随之将防汛防台应急响应提升至Ⅲ级。此外，上海市海洋监测预报中心和上海市水文总站也分别发布了海浪红色预警和黄浦江高潮位蓝色预警。浦东新区、奉贤区及崇明区则在下午2时将台风黄色预警升级为橙色。
为应对台风，上海市防汛指挥部指示洋山深水港区人员需在15日18时前完成撤离，并全力进行桥吊、轮胎吊的安全固定工作，暂停桥吊作业。从中午12时起，长横对江渡停止运营，崇明巴士的横长线、申崇七线暂停服务，以保障安全。铁路上海站也决定停运部分列车，确保铁路运输安全及旅客安全。另外，上海旅游节的部分活动安排被迫取消，以应对即将到来的恶劣天气。