印度政府在处理强奸案件方面面临的挑战是多方面的，包括：
女性地位低下：印度社会中女性地位较低，这导致在女性受到侵犯时，很少有男性愿意站出来为她们伸张正义。
种族和种姓歧视：印度存在严重的种族和种姓歧视，这使得从事警察或政府机关工作的印度人往往出自于高等人，他们可能不会积极寻找低等罪犯，如强奸犯。
经济落后：印度经济发展相对落后，特别是在贫民窟等地方，教育资源和卫生条件有限，导致这些地区的男性难以满足生理需求，从而可能将犯罪行为作为发泄途径。
治安管理落后：印度警察系统沿用殖民时期的法律和规定，这些规定不完善，导致许多案件无法及时处理，犯罪分子因此更加猖獗。
传统种姓制度的遗毒：印度种姓制度的存在使得低种姓人群在遭受不公时往往选择隐忍，这使得强奸犯更加有恃无恐。
政府措施落后：印度政府在处理强奸案件时，推出的政策往往针对受害者，而不是犯罪者，例如禁止女性衣着暴露等，这些措施未能从根本上解决问题。
司法体系陈旧：印度司法体系陈旧，强奸案审判程序冗长，效率低下，惩罚力度不足，有罪判决率低，刑期轻微，甚至出现强迫强奸犯与受害女性举行婚礼的荒唐处理方式。
警力不足和腐败：印度警力不足，警察腐败现象严重，这些问题进一步加剧了强奸案件的频发。
综上所述，印度政府在处理强奸案件方面面临的挑战包括女性地位低下、种族和种姓歧视、经济落后、治安管理落后、传统种姓制度的遗毒、政府措施落后、司法体系陈旧以及警力不足和腐败问题。这些因素共同作用，导致印度成为世界上强奸案件发生率较高的国家之一。