为有效应对新冠病毒德尔塔变异株可能引起的疫情，进一步提升全员核酸检测组织实施能力，国家卫健委组织专家结合前期工作实践，对《全员新型冠状病毒核酸检测组织实施指南》进行修订，形成了《全员新型冠状病毒核酸检测组织实施指南(第二版)》(可在国家卫生健康委网站“医政医管”栏目下载)。其中明确：
要积极应对新冠肺炎疫情，快速高效管控疫情，规范全员核酸检测组织、采样、检测、报告等工作流程，统筹调配核酸检测资源，提高核酸检测质量。500万人口以内的城市，应当在2天内完成全员核酸检测任务，必要时可通过省(区、市)内统筹保障。500万人口以上的城市，应当在3天内完成全员核酸检测任务，必要时可申请全国支援。
有关核酸检测策略：疫情前期，在风险来源不明的情况下应至少开展3轮全员核酸检测；之后根据流调溯源情况、社区封控范围、核酸检测结果等综合研判，确定后续的检测范围和频次。原则上，隔离点和近3轮核酸检测出现过病例的街道或社区每日一检，14天内出现过病例但近3轮核酸检测没有出现病例的街道或社区隔日一检，14天内未出现病例的地区可每5天一检。
有关采样方式：根据目标人群已采取的管控措施确定采样方式，隔离点及其他重点人群应单采单检，封闭小区(封闭到户)1户1管，其他地区根据实际情况采取5混1或10混1开展检测。
有关核酸检测实验室储备及保障：500万人口以下的城市，应当储备2处以上可供核酸检测支援队使用的实验室或可改建的区域；500万人口以上的城市，应当储备5处以上可供核酸检测支援队使用的实验室或可改建的区域。每个实验室或可改建的区域应当至少可容纳5支检测队(每支队伍日检测量按1万管计算)，并储备相关检测设备、试剂和耗材。