9月13日0—24时，31个省（自治区、直辖市）和新疆生产建设兵团报告新增确诊病例92例。其中境外输入病例33例（云南14例，广东8例，上海6例，四川2例，北京1例，福建1例，山东1例），含5例由无症状感染者转为确诊病例（广东3例，福建1例，四川1例）；本土病例59例（均在福建，其中厦门市32例、莆田市24例、泉州市3例），含12例由无症状感染者转为确诊病例（均在福建）。无新增死亡病例。无新增疑似病例。
当日新增治愈出院病例33例，解除医学观察的密切接触者605人，重症病例较前一日减少2例。
境外输入现有确诊病例606例（其中重症病例4例），无现有疑似病例。累计确诊病例8678例，累计治愈出院病例8072例，无死亡病例。
截至9月13日24时，据31个省（自治区、直辖市）和新疆生产建设兵团报告，现有确诊病例810例（其中重症病例4例），累计治愈出院病例89894例，累计死亡病例4636例，累计报告确诊病例95340例，无现有疑似病例。累计追踪到密切接触者1174044人，尚在医学观察的密切接触者14601人。
31个省（自治区、直辖市）和新疆生产建设兵团报告新增无症状感染者20例，其中境外输入19例，本土1例（在福建莆田市）；当日转为确诊病例17例（境外输入5例）；当日解除医学观察13例（境外输入11例）；尚在医学观察的无症状感染者401例（境外输入362例）。
累计收到港澳台地区通报确诊病例28302例。其中，香港特别行政区12146例（出院11850例，死亡213例），澳门特别行政区63例（出院63例），台湾地区16093例（出院13742例，死亡839例）。