2月16日，日本全国11地（东京青梅市、神奈川县、静冈县、爱知县、京都、大阪、高知县、福冈县、熊本县、冲绳县）召开了马拉松大赛。据各地大会组委会统计，共有近10万参赛者。
由于受到新冠肺炎疫情影响，京都马拉松赛前对参赛者手部进行了消毒，有选手戴着口罩跑。
3日前（13日），日本和歌山县汤浅町济生会有田医院，出现首个医护人员感染新冠肺炎病例，截至15日该医院内又相继有4人确诊。
15日，该县知事仁坂吉伸一改此前否认出现“院内感染”的说法，称“可能已发生院内感染”。共同社报道则指出，这是日本国内首次出现院内传染。为了预防感染进一步扩散，日本将调整新冠肺炎疫情的应对政策。
13日，日本和歌山县汤浅町济生会有田医院工作的一名50多岁男性外科医生，被确诊感染新冠肺炎。14日，一名在该医院就诊的70多岁男性被确诊。
15日，该院同为外科、50多岁的男性医生及其妻子、60多岁的男性住院患者，均被确诊。3人症状较轻，此次新确诊的患者在外科病房住院，与最初确诊感染的医生有过密切接触。
共同社报道称，最初确诊的那名医生原本称出现发烧症状后，自2月6日起在家养病，但获悉他后来实际上在县外医院工作，医院名称和工作地址均未透露。直到8日他才在CT检查中发现肺炎。
NHK报道称，为了调查该医院内是否仍有其他感染病例，仁坂吉伸表示，将优先对有田医院的医生和护士进行检测，如确认感染，将在专门医院进行治疗，尽力防止感染扩散。
和歌山县表示，国立感染症研究所的2名医生已前往有田医院，开始调查感染情况，弄清感染路径。
东京奥运如期举行
目前距离2020年夏季东京奥林匹克运动会的开幕还有5个多月的时间，日前，东京奥组委和国际奥委会一同表示，东京奥运会将于7月24日-8月9日在日本举行，残奥会的举办时间为8月25日-9月6日，“我们没有B计划。”
早在2月初，日本首相安倍晋三也强调，没有考虑过取消东京奥运会。
2月17日上午，日本新增两名感染者，其中一名为钻石公主号邮轮检疫官。至此，日本新型冠状病毒肺炎感染人数增至416人，日本已经成海外确诊病例最多的国家。
为了阻止疫情在日本国内扩大，日本政府规定，除了中国湖北省外，对持有浙江省发行的护照以及曾在浙江省逗留的外国人也将拒绝入境。此举已于13日凌晨0点生效。
此外，东京奥组委透露，日本境外观众可以从5月中旬通过网络购买奥运会门票，恰好在日本的外国人也可以现场抢购门票。据记者了解，奥运会门票已经有大约448万张出售给了日本居民。东京奥组委没有透露剩余门票的数量，据日媒预估，大约还有900万张剩余票。
而日本当地赞助商则至少已为赛事累计投入了30亿美元。他们都期望通过东京奥运会提升企业在全球的知名度与国际形象。
此前,东京奥运会和残奥会将停办的谣言一度在网上流传。几乎在第一时间，东京奥组委就曾发表声明称：“从来没有考虑过取消奥运会的事情。”
随后，东京奥组委明确表示，会采取“一切可能的措施”应对疫情带来的威胁，这些措施主要集中在两个方面，一是防止奥组委内部出现感染，以免奥运会筹备工作受到妨碍；二是防止奥运会期间运动员受到感染，并且为可能出现的感染提出应对预案。
几乎同一时间，国际残奥委会也表态：疫情对东京残奥会筹备影响很小。
国际残奥委会发言人克莱格·斯宾塞表示，新型冠状病毒感染的肺炎疫情对东京残奥会筹备工作的影响很小，残奥会的筹备工作会按部就班进行。
本月初，日本首相安倍晋三也曾在国会表示新冠肺炎疫情并不会对东京奥运会及残奥会的举办产生影响。
日本出现首例新冠肺炎死亡病例
据人民日报，日本厚生劳动省2月13日晚上称，一名家住神奈川县的80多岁的女性因感染新冠肺炎而死亡。这是日本国内出现的首例感染新冠肺炎死亡的病例。